Primeiramente você vai fazer a inicialização da sua aplicação com o npm, utilizando:

npm init -y

Logo em seguida, vamos fazer a instalação do boostrap, só que dessa vez através do npm, não com o link.

npm install bootstrap

Se você tem já o sass instalado, não precisa fazer mais nada, com isso, temos aqui uma pasta chamada node_modules e dentro dela temos o css e o js do bootstrap!

Você precisa fazer um link de um css, então você vai fazer com que no head nós tenhamos um link, com isso, precisamos linkar o bootstrap padrão com o caminho dele, mesma coisa com o JS.

Nós vamos de teste colocar um botão primary, e vamos fazer a mudança da cor dele, vamos ter dentro de node_modules uma pasta chamada scss, vamos no arquivo de variables e vamos fazer a mudança da cor azul, com isso, vamos conseguir alterar a cor primaria.

E para alterar, vamos fazer exatamente a mesma coisa que sempre fizemos com sass, apenas mudando agora os endereços tanto do sass quanto do css.

sass --watch ./node_modules/bootstrap/scss:node_modules/bootstrap/css

Com esse comando, estamos criando uma nova pasta e fazendo isso vamos ter que redirecionar o caminho css, isso fica mais fácil para nós fazermos as demais compilações.